本发明公开了大豆种子总蛋白质的提取方法及其专用试剂。所述方法包括如下步骤：1）取大豆种子和溶液S1按1g:3ml的比例混合提取蛋白质，收集所有物质获得混合物甲；2）向步骤1）的所述混合物甲中加入与步骤1）所述溶液S1体积相同的溶液S2再提取蛋白质，收集所有物质获得混合物乙；3）将步骤2）所述混合物乙离心，取上清液用三氯乙酸沉淀，获得所述大豆种子总蛋白质。所述溶液S1和S2为专用试剂。使用本发明方法及试剂提取大豆种子蛋白质量较好，纯度较高，在进行双向电泳分析时可得到900个蛋白点，一些低分子量、低丰度蛋白清晰可见。通过质谱可鉴定363个蛋白点，远远高于现已报道的其他方法。本发明对植物蛋白质组学的研究具有重大的应用价值。