本发明公开了一种对不同种质的羊草进行基因分型的引物及其应用。本发明的引物由引物对1‑引物对17中任意所示的引物对组成。本发明利用羊草转录组数据开发的SNP引物能够对羊草不同种质进行基因分型，并且本发明方法简单、快捷、准确、通量高、成本低。本发明开发的SNP引物还可以用来进行羊草亲本选配、发展功能分子标记、用于羊草分子标记辅助育种、构建指纹图谱及用于羊草育成新品种的保护。